Mulegé ist ein Municipio im mexikanischen Bundesstaat Baja California Sur. Das Municipio hat 59.114 Einwohner (Zensus 2010), seine Fläche beläuft sich auf 32.112 km². Verwaltungssitz ist Santa Rosalía, Namensgeber ist der Ort Heroica Mulegé, einwohnerstärkster Ort des Municipios ist hingegen Guerrero Negro.
Das Municipio Mulegé liegt im Norden des Bundesstaates Baja California Sur auf einer Höhe von bis zu. Es reicht von der Grenze zwischen Baja California und Baja Californis Sur bei Guerrero Negro im Norden bis kurz vor die Stadtgrenze von Loreto im Süden. Es zählt zur Gänze zur physiographischen Provinz der Halbinsel Niederkalifornien. Die Geologie des Municipios setzt sich zu etwa 35 % aus Extrusivgestein, zu etwa 28 % aus Sedimentgestein, zu 21 % aus äolischem Sediment und zu 8 % aus Alluvionen zusammen. Vorherrschende Bodentypen sind der Regosol (38 %) und Leptosol (27 %). Mehr als 90 % der Gemeindefläche sind von Gestrüpplandschaft bedeckt.
Begrenzt wird das Municipio von den Municipios Loreto und Comondú, dem Bundesstaat Baja California, dem Golf von Kalifornien und dem Pazifik. Zum Municipio gehören unter anderem auch die Inseln San Marcos und Tortuga im Golf von Kalifornien sowie die Isla Natividad im Pazifik.
